有用そうなライブラリが結構ありますね。
EthnaとPEARで結構いけるかな。

PEAR::HTML_Menu　サイトメニューの実装
PEAR::HTML_TreeMenu　ツリーメニューの生成
PRAR::HTTP_Download　データーのダウンロード
PEAR::Pager　ページング機能
PEAR::Mail_Queue　非同期のメール送信
PEAR::Config　設定ファイルの読み書き（YAMLに対応すれば尚可）

osCommerceからのリファクタリングを考えているのだけれど、モジュール部分のインターフェイスをどうするかが悩みどころ。まぁ、アジャイルちっくに適当に造りはじめましょうか。