では、ひとつずつ。

１、タイトル周りの変更

標準では、ブラウザのタイトル欄（<title>タグの箇所）について、“osCommerce”など、設定した文字列しか表示することができません。商品ページでも、カテゴリーでも、ショッピングカートの画面でも、すべてosCommerceとのみ表示されます。

これでは、SEOどころではありません。

そこで、タイトル部分は、まず、管理画面で設定するショップ名と連動するようにしました。
管理画面でABCショップ、と設定すれば、タイトル部分にABCショップと表示されます。
加えて、商品ページでは、その商品の名前、カテゴリーページでは、カテゴリー名、他にもショッピングカートの画面であれば、ショッピングカート、という文字列が、ABCショップという文字列の後に続いて表示されるようになっています。

２、商品名など、SEO的に重要な部分を<h1>タグに変更

いろいろな手法が取りざたされていますが、要は構造的でクリーンなhtmlを書けば、それがすなわちSEO対策となるということは、もはや承知の事実です。
Movable Typeなどで書かれたエントリーがサーチエンジンにて上位表示されるのも、Movable Typeが吐き出すhtmlが構造的でクリーンだということに他なりません。
構造的という意味では、商品ページにおける一番強調すべき文字列は商品名であり、その部分は当然<h1>タグで書かれているべきです。サーチエンジンのクローラーは、<h1>タグで書かれている文字列は、当然重みを持ったキーワードとして収集していきます。
ということで、alterでは、商品ページにおける商品名、及び、他のページでのそれに類する部分は、すべて<h1>タグに変更しています。

３、テーブル主体のレイアウトを、一部CSSによるレイアウトに変更

osCommerceは、テーブル主体のレイアウトであり、かつテーブルを入れ子にしている箇所が多々あるため、ソースが複雑になり、SEO的には少々不利なソフトウェアです。さらに、デザインに凝ったテンプレートを導入しようものなら、SEO的な効果が激減することは覚悟せざるを得ません。
そこで、osCommerce alterでは、レイアウトに、可能な限りCSSを使うように変更を行っています。
osCommerceは、もともとCSSを使っていますが、その使い方はフォントの色やサイズを変えるといった程度で、レイアウト部分にまではCSSを適用していませんでした。
ブラウザの互換性の問題から、全くテーブルを使わずにレイアウトを行うことは現実的ではないため、現状ではテーブルも併用して使ってはいますが、可能な部分でCSSを使ったレイアウトを用いるように変更しています。

４、META Keywords、META Descriptionを柔軟に設定できるように変更

Yahoo! JAPANがサーチエンジンをGoogleからYSTに乗り換えたことに伴い、各ページにメタタグを埋め込むことの必要性が高まりました。標準のosCommerceでは、こういったメタタグを埋め込むことはできませんが、osCommerce alterでは、2段階で、メタタグを埋め込むことができるようにカスタマイズを行っています。まず、管理画面で、すべてのページにデフォルトで埋め込まれるメタタグを指定することができます。さらに、商品登録画面で商品ごとに、メタタグを追加の形で指定することができるようになっています。

５、「サーチエンジン対策のURL」について

[管理メニュー]->[基本設定]->[ショップ情報]
という箇所で「サーチエンジン対策のURLを使用(開発中)」をtrueにすることも、特にGoogleに対し、効果があるでしょう。
この「サーチエンジン対策のURL」をtrueにすると、URL の ? や = が / に置き換わるようになります。
これによって、Googleなどのクローラーは、そのページを動的ページではなく、静的ページであると認識し、ページランクも設定されるようになります。

osCommerce alterでは、この「サーチエンジン対策のURL」機能にも、若干手を加えています。
標準のosCommerceでは、この「サーチエンジン対策のURL」をtrueにすると、ログインしている、していないに限らず、常にURLが置き換わってしまいます。しかしながら、サーチエンジンのクローラーは、そもそもログインできないわけですから、ログイン後については置き換える必要はなく、かえって置き換えることで余計な処理が加わってしまいます。
そのため、ログイン後では、「サーチエンジン対策のURL」をtrueにしている場合も、URLは置き換えないように変更しました。

osCommerce alterは、上記のような形でSEO強化版となっております。
独自ドメインでネットショップを運営する場合は、楽天市場などに出店するのとは違い、モールによる集客ということは望めませんので、サーチエンジンからいかに人を呼び込めるかということが勝負の分かれ目になるでしょう。
お客様は、サイトの見た目で商品を買うのではなく、あくまでも商品の魅力で商品を買うはずです。デザインに懲りすぎることなく、シンプルで、サーチエンジンにも優しいサイト作りを目指すのも必要ではないかと思います。